Die Organisation der Ordnerstruktur kann sich anhand der angewandten Prozesse oder an den Ergebnissen orientieren. Im ersten Fall bildet die Struktur zeitliche und methodische Prozesse der Daten ab, was zu einer besseren Nachvollziehbarkeit der Arbeitsschritte führt. Im zweiten Fall orientiert sich die Ordnerstruktur an den fachlichen Ergebnissen, was die inhaltliche Nachvollziehbarkeit verbessert.

Mit Dateiablage ist hier vor allem die Ordnerstruktur gemeint. Für die Benennung der Ordner gelten die gleichen Regeln, wie für die Dateibenennung, die im Abschnitt Dateibenennung thematisiert werden. Lediglich die Dateinamenserweiterung wird bei Ordnernamen nicht verwendet. Die Dateiablage sollte selbsterklärend sein und unpräzise Namen wie etwa "In Arbeit" vermieden werden.

Der tägliche Umgang mit digitalen Daten wird durch eine effiziente Dateiverwaltung erheblich erleichtert. Aussagekräftige Dateinamen, die auch für Dritte verständlich sind, sorgen dafür, dass die Dateien gefunden und deren Inhalt verstanden wird. Einheitliche Dateinamensstrukturen erhöhen die Lesbarkeit. Die konsequente Einhaltung von Versionierungsangaben sorgt dafür, dass immer mit der richtigen Dateiversion gearbeitet wird und eine selbsterklärende Ordnerstruktur hilft dabei auch in großen Projekten bestimmte Dateien wiederzufinden.